2015年4月，日本开始实施《功能标识食品制度》。该《功能标识食品制度》实施以前，日本也只允许个别认证的特定保健食品和营养补充剂上进行功能标识。该制度的缺点是，企业需要层层申报，多个部门联合审核，审批所需时间长难度大。继而获得审批的产品数量较少，消费者可选择的产品范围相对狭窄。
《功能标识食品制度》规定，企业对产品的安全性和有效性负责，销售前60天向消费者厅提交包括证明其科学依据在内的各种文件，获得申报号就可以产品上进行标识。可进行标识的食品包括加工食品和生鲜食品，即除了已经进行功能标识的保健食品和含酒精饮料等有限品种之外，几乎包括了全部的食品种类。
要进行标识的功能成分有效性的相关科学依据，可通过体内-体外试验获取。也可以引用已发表或报道的论文、临床试验结果等。安全性通过分析食用经验或医药成分的相关性，企业可以自行评价。
目前企业利用消费者厅网络系统就可申报，功能标识食品数据库中也可查询各种数据，非常便利。截止到2021年10月19日，日本已有4591种功能标识食品。其中包括桔子、豆芽、大米等生鲜食品120种；片剂、胶囊剂、粉末剂等保健品形状的加工食品2386种；饮料等普通加工食品2085种。
以生鲜食品类的豆芽为例，其功能标识如下：本品含有大豆异黄酮，根据有关报道大豆异黄酮具有保持骨成分的功能。本品适合于想保持骨骼健康的中年女性。再如透明质酸钠为功能成分的胶囊状加工食品的功能标识如下：本品含有透明质酸钠。有报道称透明质酸钠有助于皮肤的水分保持，具有缓和皮肤干燥的功能。醋酸为功能成分的蓝莓黑醋饮品的功能标识如下：本品含有食用醋为主要成分的醋酸。有报道称醋酸可减少肥胖倾向人群的内脏脂肪。本食品适合于在意内脏脂肪的人群。
小结：日本通过普通食品的功能标识制度，不仅减轻了企业取得保健食品审批的负担，给消费者提供了选择健康食品的科学依据。
